Çoban Mustafa Paşa Camii’nin mescidi, 16. yüzyılın başlarında, yaklaşık 1523-1524 yıllarında inşa edilmiş olup Osmanlı erken klasik dönem mimarisinin önemli örneklerinden biridir. Yapı, Yavuz Sultan Selim ile Kanuni Sultan Süleyman dönemleri arasındaki geçiş sürecinde inşa edilmiş ve bu yönüyle klasik Osmanlı cami mimarisine geçişin izlerini taşımaktadır. Aynı zamanda banisi olan Çoban Mustafa Paşa’nın Mısır ile olan ilişkileri sebebiyle, mescidde Memlük sanatının etkileri açık biçimde görülmektedir.

Mescid, kareye yakın planlı ve tek kubbeli bir harim düzenine sahiptir. Üst örtü sistemi, pandantifler aracılığıyla ana duvarlara oturan merkezi bir kubbe ile sağlanmıştır. Bu plan anlayışı, daha sonraki dönemlerde gelişecek olan klasik Osmanlı merkezi plan şemasının erken bir örneğini oluşturur. Yapının taşıyıcı sistemi kalın taş duvarlara dayanmakta olup, mekân bütünlüğü ve iç hacimdeki birlik hissi ön planda tutulmuştur.

Yapısal açıdan mescidde kesme taş ve mermer malzeme yoğun olarak kullanılmış, yer yer devşirme mimari unsurlara da yer verilmiştir. İç mekânda özellikle mihrap çevresi, mermer işçiliği ve mukarnaslı süslemeleriyle dikkat çeker. Duvar yüzeylerinde ve mimari detaylarda görülen geometrik ve bitkisel motifler, Memlük etkisini yansıtan zengin bir süsleme anlayışını ortaya koyar. Bu durum, yapıyı Anadolu’daki diğer Osmanlı camilerinden ayıran önemli bir özelliktir.

Külliyenin merkezinde konumlanan mescid, yalnızca bir ibadet mekânı değil, aynı zamanda sosyal hayatın da odak noktası olarak tasarlanmıştır. Medrese, imaret ve diğer külliye yapıları bu merkez etrafında şekillenmiştir. Bu yönüyle mescid, hem mimari hem de işlevsel açıdan Osmanlı külliye sisteminin temel unsurunu temsil etmekte ve dönemin dini, sosyal ve kültürel yapısını yansıtmaktadır.